PCR INUTILES SI ON EST ASYMPTOMATIQUE

Fact-checking the fact-checkers – La Source (4 Avril 2021)

Prof dr. Martin Zizi, ancien président du Comité d’éthique et de la Commission pour l’éthique médicale au sein du département de la Défense belge, en charge des relations avec l’Ordre des Médecins entre 1997 et 2004, ancien Directeur scientifique et Chef de la Division Épidémiologie et Biostatistiques, chercheur en Biologie moléculaire et Biophysique ; il fut conseiller/expert pour les autorités belges, l’UE et l’ONU.

Cet article est une réponse à la publication “Les tests PCR surévaluent-ils les cas de Covid-19 ?” – publié dans la nouvelle rubrique de “fact checking” de la Libre Belgique.

Dans une Démocratie, la presse doit contrôler le pouvoir en place et non les citoyens. La solution : une vraie politique de tests sans exclusive et basée sur la réalité, non sur un «  élastique  » qui nous maintient tous dans la peur et permet de décider n’importe quoi.

Récemment, un article me mentionnait dans une rubrique de fact-checking (La Source, une nouvelle rubrique de La Libre) à propos des PCR et de leur mauvaise utilisation tout au long de cette crise du SARS2. Je trouve l’intention louable et je partage le désir du Rédacteur-en-Chef et de la journaliste. Cependant à la lecture de l’article, je crois que le résultat est loin d’être assez informatif, la conclusion étant de rassurer sur l’usage de la PCR et de l’opposer à d’autres types de tests. Comme annoncé dans un article précédent, il nous faut travailler aux solutions, et cette publication de fact-check léger me donne l’occasion non seulement d’expliquer le problème pour le grand public, mais également d’esquisser la solution à ce problème. Donc je me dois de revenir sur ce sujet car il est bien trop important pour être dilué même avec brio. Notons que je suis intervenu dans la presse à deux reprises sur ce sujet, et je n’ai jamais dit ou écrit que les PCR n’avaient aucun rôle à jouer comme l’article le décrit ((1), (2), ainsi que de nombreuses échanges entre La Libre et moi-même). Je fais également la différence entre symptomatiques et asymptomatiques à chaque fois.

Quel est le problème des tests PCR dont on a fait la pierre d’angle de cette débâcle sanitaire, sociale et économique  ? En fait, il n’y a pas un, mais deux problèmes parfaitement distincts et il faut clairement les distinguer.

Problème #1. PCR ≠ Infections.

Cela veut dire qu’une PCR positive n’équivaut pas automatiquement une infection (une évidence pour tous les biologistes moléculaires). Les germes vivent parmi nous tout simplement. Par exemple, vous et moi, nous avons quasi tous à un moment ou à un autre sur notre peau des germes de type staphylocoques. La fréquence est entre 20 et 30  % à tout moment(3), et 66 % des gens ont ce germe sur leur peau de manière intermittente, mais à répétition(4). Si nous faisions des PCR sur des milliers de gens demain, nous aurions presque toujours entre 30 % et 66 % des «  cas positifs  » au sein de toute la population prise au hasard. Combien d’entre nous ont une infection à staphylocoques de la peau  ? Quasi personne  ! Comprenez-vous le problème maintenant  ? Donc une maladie n’est pas la même chose qu’un test PCR positif. En revanche, si nous avons une maladie de peau, alors en ce cas, la PCR peut aider le clinicien à démontrer que c’est du staphylocoque, de savoir s’il est résistant ou non, et de savoir si c’est un autre germe, et dans tous les cas, va aider le médecin à prescrire le traitement adapté. Le contexte du test est donc absolument cardinal.

Pour être malade avec un virus, mesurer une dizaine ou des millions de virus par mesure – et la PCR le fait – ne signifie rien si on ne comprend pas la notion de seuil d’infection. En effet, chaque virus a un seuil différent pour nous rendre malades  ; pour l’hépatite B ce seuil est très bas, par contre pour le HIV il est plus haut. Pour le SARS2 nous avons besoin d’environ un million de particules par millilitre dans nos bronches pour nous infecter et tomber malade(5) (références même citées par Sciensano).

Pour rappel, les PCR amplifient le matériel génétique à mesurer par cycle, chaque cycle multipliant par deux la masse de ce qu’on veut mesurer. Mais comme avec tout instrument, que cela soit dans le domaine scientifique ou autre (musique, construction, etc), il faut commencer par la calibration de l’outil à utiliser. Pour le PCR, cela revient à effectuer une détection d’une série de solutions virales avec un nombre connu de particules (10 virus/ml, 100 virus/ml, 1000 virus par ml, et ainsi de suite). Il est ensuite possible de faire correspondre ces différentes concentrations virales à des cycles de multiplication par PCR  : 2, 3, 4 … 20, 30, 40 cycles. Ceci permet de définir le nombre de cycles nécessaires (le Ct ou Cycle Treshold) pour atteindre ce fameux seuil d’un million de virus par ml (en dessous, il n’y a pas d’infection). Il est important que cette calibration soit faite pour tous les laboratoires, car il y a des différences entre les machines. Notons cependant, qu’après un nombre très important de cycles, tout instrument sortira inévitablement de la gamme d’emploi du PCR. L’OMS avait initialement publié des protocoles standardisés à 35 cycles – puis plus récemment a signalé en addendum que chaque laboratoire devait effectivement calibrer ses machines (référence donnée dans l’encart). Et en Belgique  ? Nous faisions allègrement 35 cycles, là où le million par ml est atteint aux alentours de 23 cycles selon nos propres standards (ce chiffre fluctuant uniquement de quelques unités en fonction de la machine utilisée)  !

Rappelons aussi que le PCR est un test qui fonctionne à l’envers – au plus on fait courir la réaction, au moins on mesure ce que l’on cherche. 23 cycles nous donnent le seuil du million de virus par millilitre – qui est nécessaire pour dire que nous avons un risque d’infection – ce qui n’est pas encore une infection car chacun d’entre nous peut être plus ou moins sensible au virus (un autre problème réel mais qui sort du cadre de cet article). 33 cycles nous amènent à mesurer 1000 fois moins de virus (car 2 exposant 10 = 1024, c’est à dire la différence de cycles entre 33 et 23), donc au lieu d’un million de virus, l’échantillon n’en contient que 1000  ! Au-dessus de ce seuil (appelé “Ct” dans les résultats PCR) de 23, on est en droit de conclure que  : Ceci n’est pas une infection ! Si on répète ces tests avec trop de cycles, les résultats deviennent aléatoires et non spécifiques et ne sont plus du tout fiables  : c’est-à-dire que le MÊME échantillon pourrait être une fois positif, une fois négatif… donc le test ne donne aucune information valable.

Figure1.
Le problème est là : les PCR sont considérées comme Positives par Sciensano à partir de 100 copies, ce qui est beaucoup plus bas que le seuil nécessaire pour être compté comme un cas (un patient infecté). Quant aux conclusions sur la contagiosité, le terme «  potentiel  » n’aide pas. Un Médecin qui reçoit ces réponses ne peut les interpréter correctement car il n’est pas spécialiste des PCR – mais il sait si son patient a des symptômes ou non, et c’est CELA qui doit être son critère.

Un patient NON-INFECTE peut-il être contagieux  ? Bien sûr que non. Ce serait un NON SENS absolu. La dernière colonne (à droite) est ce que j’explique quand je dis que PCR ≠ Infection.
Au dessus de 25, il est évident que la personne n’est PAS infectée – donc ne peut pas être un «  cas  » – en se basant sur ces PCR erronées, la plupart des gouvernements ont fait du grand n’importe quoi… hélas, le coût est énorme pour nos sociétés.

[Tableau montrant le nombre de copies virales lors d’une calibration, le nombre de cycles pour un gène X, les recommandations Sciensano et du RAG et surtout la réalité d’une infection selon le seuil].

(RAG – Risk assessemnt group)

Allons plus loin encore : si je vous expliquais que dans les USI (Unité de Soins Intensifs) en Belgique, certains de ces patients qui n’ont pas contracté le COVID sont malgré tout étiquetés «  COVID  » parce que le test est «  positif  ». Et ceci même en l’absence de tout tableau clinique d’infection respiratoire parfois  ! ! ! Cela ne peut pas se passer dans notre bon royaume  ? Ne me croyez-pas, parlez aux infirmiers et aux médecins des USI. Donc le problème des PCR s’étend même en partie aux lits d’hôpitaux…

Et quand on sait qu’en France et en Allemagne, les PCR sont faites à 38, voire plus de 40 cycles, en Irlande à 45 cycles (certains protocoles et standards furent partagés donc les comparaisons sont possibles), on ne peut que constater que le problème dépasse nos frontières… Commencez-vous à comprendre pourquoi ce débat sur les cycles et la calibration des PCR est essentiel ?

Problème #2. PCR ≠ Contagiosité.

Une PCR positive n’équivaut pas une personne contagieuse. Il s’agit du ‘tail’, c’est à dire “la queue” des infections. L’article de La Source fait un meilleur travail à ce sujet – et je remercie les journalistes pour leur clarté informative, car ils ne sont pas scientifiques.

Fig. 2. Si nous testons des personnes NON-symptomatiques, nous avons donc six fois plus de chances de tomber sur un test PCR positif mais non contagieux, que positif et contagieux. Même en prenant une marge de sécurité d’un facteur deux (la période de contagion possible est de huit jours), nous avons encore quatre fois plus de chances d’avoir un test PCR positif mais non contagieux. Dans ce cas, nous pouvons dire que seulement 25 % des tests indiquent correctement un risque de contagion.

Le virus SARS-CoV 2 reste présent dans notre corps des semaines après que la maladie soit terminée – et donc nous ne sommes plus contagieux à ce moment. Il existe de nombreuses publications à ce sujet (ce point n’est plus contentieux du tout). Ce que l’article ne met pas en évidence, c’est que cette période de non contagion est 4 à 6 fois plus longue que la période de contagiosité ! Si la «  fenêtre  » de tir pour pouvoir conclure que quelqu’un est «  dangereux pour les autres  » est de quelques jours, alors la chance de se tromper – c’est-à dire d’avoir un test positif en étant non-contagieux, est évidemment bien plus grande.

Par ailleurs, le fact-checking ne mentionne pas que c’est moi-même qui leur ai fourni l’étude du Lancet qui avait servi à introduire le sujet(6), tout comme un autre article(7) du New England Journal of Medicine qui couvre ce sujet et qui tente d’expliquer comment mieux faire – avoir un usage intelligent des tests. Ce qui est mon but également. L’article de La Source mentionne une référence scientifique qui après avoir étudié et expliqué ce problème, conclut qu’entre 50 % et 75 % des tests PCR sont des faux positifs pour cette raison de ‘queue d’infections’, mais signale – sans données aucunes que le chiffre de 75 % est sûrement erroné car et je cite «  On ne teste pas au hasard […] les personnes suspectées de COVID parce qu’elles présentent des symptômes ou leurs contacts  ». Cette citation est parfaitement fausse, nous y reviendrons. Le scientifique questionné par le journaliste de La Libre Belgique, a-t-il présenté une table avec des statistiques  ? Sur quelles bases les symptômes sont-ils estimés  ? Après consultation médicale clinique ou après une déclaration sur l’honneur  – comme cela est permis ? Est-ce que la journaliste a seulement contrôlé le nombre de cycles effectués dans les labos belges  ?

Si l’on prend le recul nécessaire, il est difficile d’estimer la proportion des tests corrects comparés aux incorrects, car pour cela il aurait fallu systématiquement mettre en corrélation les PCR, les symptômes et les tests sérologiques [qui sont des tests qui mesurent les anticorps dans le sang des personnes réellement infectées] – chose qui n’a pas été faite apparemment. Donc on ne peut qu’avoir une estimation basée sur les connaissances scientifiques actuelles. Mais si la période de résidence du virus dans le corps est 4 à 6 fois moins longue que la période de contagion, nous pourrions en déduire qu’une proportion non négligeable de ces tests ne reflète absolument pas un risque de contagion. Il serait donc grand temps d’arrêter la guerre des chiffres à ce sujet – a fortiori quand on teste massivement des personnes sans symptômes – et reconnaître que l’on ne sait pas… mais alors pourquoi présenter ces tests comme la seule possibilité de mesure  ? Ceci pose question.

Il existe un 3ème problème avec ces tests PCR : les enjeux financiers énormes.

Ce fut une des questions que les journalistes m’avaient dit qu’ils allaient aborder dans ce fact-check et qu’ils ne touchent même pas du doigt dans leur opus. Pourquoi pas ? Il serait bon que les conflits d’intérêt potentiels de certains des conseillers à ce sujet fassent l’objet d’une enquête. Chercher sur les différents sites universitaires, les start-ups ou sociétés qui fournissent ce service coûteux (les statistiques des tests sont publiées sur le site de La Libre Belgique) et contrôler les liens éventuels avec des experts ou conseillers. Contrôler les pactes d’actionnaires. A raison de 600-2000 tests par jour en pic pour un petit labo [données contrôlées indépendamment par téléphone], et au prix de 47 Euros, cela fait du chiffre. Combien  ? Et pour un grand labo universitaire ou des entreprises privées ? Combien  ? Il faudrait analyser bien sûr, mais il ne serait pas étonnant d’atteindre des chiffres avoisinant plusieurs centaines de millions d’euros juste pour la petite Belgique et pour les PCR. Tout cet argent pour des tests qui nous aident si peu et permettent de justifier de manière ad hoc ce suicide médical, social et économique ?

De plus, vous ne le savez sans doutes pas… mais nous avons déjà vécu cela. Après le 11 septembre, mon téléphone était constamment encombré de compagnies qui voulaient «  m’aider à gérer la crise  » et donc les pressions pour me faire recommander des achats de machines PCR (entre 80 et 100 machines) et de pousser un vaccin (tiens donc  !) contre l’anthrax furent énormes. Et je n’ai jamais recommandé les PCR (ni ce vaccin) en ma qualité de Conseiller du Cabinet Défense mais également du Cabinet du premier Ministre et de la Santé (via les Intercab). Mesurer l’anthrax par PCR était coûteux et inutile car l’anthrax vit parmi nous. En tant qu’experts – et surtout lors des crises – les pressions commerciales et les tentations sont énormes…

Là-dessus se greffe également un problème annexe : les fausses oppositions. En effet, certains opposent tests par PCR aux tests antigéniques et sérologiques – pour des raisons de conflits d’intérêts, et ils les dissimulent bien. Et je crains que la presse ne comprenne pas qu’elle se fait mener en bateau. Mes communications n’attaquent pas la PCR et ne veulent pas favoriser d’autres types de tests. Je n’ai rien à vendre, ni test, ni médicament, et surtout pas – contrairement à certains de nos experts et journalistes – du vent – et je suis hors de ces activités en biotechnologie qui firent mon quotidien pendant près de 40 ans  ! Je me borne à expliquer, et ce en parfait accord avec l’OMS, que la PCR est un outil puissant de confirmation diagnostique si on est malade avec des symptômes. Mais – comme l’OMS le signale – il faut être fort prudent dans les conclusions si nous faisons le test auprès des gens non malades ou sans symptômes. Je le dis moins poliment que l’OMS j’en conviens. C’est un cri d’alarme indispensable – pas un susurrement d’inconfort  ! J’ai personnellement écrit dans la presse, et expliqué au journaliste qu’il fallait une stratégie de testing et j’invite les lecteurs de tous mes posts sur LinkedIn à contrôler par eux-mêmes en leur donnant des mots-clés pour leur recherche. Je ne donne pas d’opinion, mais tente d’élever les débats.

A propos des autres tests – et cela me rend triste car ils sauveraient des vies – il serait bon que d’autres en parlent. Encore une fois l’article de la Source ne reflète en rien notre conversation. Je n’ai jamais dit à la journaliste que ces tests antigéniques étaient tous calibrés pour cet usage. Au contraire, j’ai expliqué au journaliste que ces tests pouvaient être parfaitement calibrés pour n’être positifs(8) que lors de la période où la personne testée est contagieuse. Ceci est un problème de masse de réactifs chimiques à mettre dans les kits de tests. Donc je déplore le «  noyage  » de poisson avec ces taux de vrais ou faux positifs et de comparaisons effectuées sur des tests qui ne furent jamais optimisés pour cette période de contagion.

Finalement, si on sait qu’un test donne des résultats erronés pour de multiples raisons ((9) et (10)) et fut imposé dans un flou financier(11), et sert à bloquer tout débat et à tout casser(12), il est non seulement légitime, mais même notre devoir de le dire. Il est un peu léger de constater que le PCR, malgré ses limites, est la seule option de dépistage au vu de tout ce qui fut décidé et des morts NON-COVID que cela a provoqué. Appelons cela pour ce qu’est c’est  : les tests à l’élastique, qui permettent de tout justifier. Ce débat autour des PCR est TROP important pour le passer sous l’éteignoir, car c’est sur cette base que l’on a décidé des lockdowns, des zones vertes ou rouges, ou qu’on contrôle les voyages… C’est sur cette même base que l’on calcule les lits COVID en USI (unités de soins intensifs).

Soulignons à ce stade que La Source, en plus des problèmes cités ci-dessus, se contredit. Effectivement, elle signale par la bouche du Dr. L. Cornelissen que «  vu que l’on ne teste pas les personnes non-symptomatiques, il n’y a pas de problèmes  ». Ceci est une fausse information car on teste bien les asymptomatiques en Belgique et en masse. Nous les avons testés depuis le début, et il fut publiquement dit par les autorités qu’on allait arrêter ces tests pendant les vacances de novembre 2020. On a officiellement repris ces tests fin novembre. La Libre Belgique ainsi que d’autres journaux) ont annoncé ces décisions officielles importantes par des articles importants [voir Édition du 19 Oct. 2020, titre : Retour en arrière : les personnes sans symptômes ne seront plus testées]. La reprise pour le 23 novembre fut annoncée partout [voir site de la RTBF en date du 14 Nov]. Dans cet article, il est bien question des asymptomatiques qui ont eu un contact et je cite [« Et puis, qu’on puisse faire le suivi des contacts et remonter les chaînes d’asymptomatiques.“]. Les chaînes d’asymptomatiques  ! Ceci n’est pas une maladie sexuellement transmissible, mais une zoonose  ! Donc le tracing ne donne pas une image correcte de la dispersion de ce virus (et un contact en extérieur sera sans danger comparé à un contact en milieu fermé) mais passons.

De plus lors de la reprise des tests PCR à grande échelle [voir La Libre Édition du 25 Nov. 2020], le Commissaire Corona lui-même le dit : «   […] les tests rapides (il parle de la PCR) sont fiables chez les personnes qui restent asymptomatiques avec une charge virale élevée et qui sont donc contagieuses  » (sic). Quelle est la proportion de ces gens  ? En général les personnes non symptomatiques ont des charges virales faibles ou nulles(13). En outre, on teste tout le temps les voyageurs (sans symptômes pour la grande majorité) et même les parents des enfants qui ont été en contact avec un cas, donc on teste un patient plus 2 autres personnes. En plus, quand tout un chacun peut demander un test après avoir signé une Déclaration sur l’honneur qu’il/elle a bien les symptômes du COVID, cela devient surréaliste. Comme la journaliste du fact-checking confond le problème du seuil de détection (problème #1) et le problème de la rémanence (présence) du virus dans nos voies respiratoires longtemps après le fait qu’il n’y ait plus de risque contagieux (problème #2). Confondre ces deux problèmes différents est précisément la cause de ce mauvais usage des PCR.

La Source mentionne également un autre sujet que je me dois de développer : les asymptomatiques

Je cite La Source : «  Une étude d’avril 2020 de la revue Nature estime même que 44 % des contaminations dans les foyers ont lieu durant la phase de précontamination, avant l’apparition des premiers symptômes. Une tendance suivie par l’OMS qui affirme que “c’est surtout juste avant que les personnes infectées développent des symptômes (à savoir deux jours avant) et au tout début de la maladie qu’elles sont les plus contagieuses”  ». Je vais vous surprendre mais je suis entièrement d’accord. Car en effet la grande majorité des contaminations se font au sein des bulles familiales et des milieux clos et non en extérieur.

Nous avons affaire à de potentiels pré-symptomatiques et la PCR a sa place. Cependant il faudrait arrêter de raconter n’importe quoi et de faire des amalgames. La majorité des personnes avec COVID et qui sont asymptomatiques sont dans le reste de la population, pas autour des malades. Il y eut de nombreuses études à ce sujet qui n’ont pas pu mettre en évidence un risque de contagiosité. Une des plus larges études jamais effectuée le fut a Wuhan sur près de 11 millions de personnes(14). Elle montre – contrairement aux études précédentes – que ces asymptomatiques – même s’ils sont PCR positifs – n’émettent que peu de virus (ce qui est logique car ils ne sont pas malades et donc ne toussent pas  !) et que leur taux de contagiosité est quasi nul. Pourquoi cela passe-t-il inaperçu  ?

Les problèmes des PCR que j’explique dans cet article ne sont pas nouveaux et il existe des exemples où les PCR échouèrent(15). La presse (ceci ne concerne pas La Libre belgique) a rapporté qu’il s’agissait de fausses nouvelles donc voici un autre fact–check bien nécessaire. En Colombie Britannique, il eut une pseudo-épidémie de SARS1 en 2003 mesurée par des tests PCR supposés parfaits bien sûr. In fine, cette «  épidémie  » – qui fit huit morts dont six suites de pneumonie bactérienne – était due à un autre corona parfaitement banal et bénin. Pour mémoire, Il y a sept coronavirus chez l’humain (quatre qui causent un rhume ainsi que SARS1, MERS, et SARS2). A l’époque, les responsables ont eu la présence d’esprit de tester les anticorps, ce qui évita la panique et la peur. En 2006 au New Hampshire (USA), une épidémie de coqueluche (B. Pertussis) s’avéra être une création des PCR. Ce problème de fausse alerte est connu et fut discuté dans le Lancet en 2006(16).

Si les journalistes faisaient leur travail d’esprits curieux, ils n’auraient pas à téléphoner et boire des paroles soit incorrectes soit carrément mensongères de certains de mes ex-collègues. Il leur suffirait de lire les notes de Sciensano – disponibles en ligne. Il est stupéfiant de voir que Sciensano écrit une chose et fait son contraire. Mensonge ou stupidité, la question reste posée en ce qui me concerne, et j’ose espérer que des nombreux citoyens fassent l’effort de se la poser. Ceci est contrôlable par tout un chacun, ne demande pas des connaissances pointues et révèle les faits suivants :

  • En page 10 de leur SARS2 fact sheet, Sciensano écrit noir sur blanc que le «  Viral RNA ≠ infection  ». Je le cite  : «  A test-based strategy is hindered by known prolonged shedding of viral RNA, which does not equate with infectiousness  ». La citation est donnée en entier à la référence(17).
  • Le contact tracing est mentionné comme revenant positif dans à peine 1 % des cas. 22 malades parmi les 2761 contacts liés à 100 cas démontrés. De qui se moque-t-on ici ? 1 % de chance d’être malade si on est un contact ?(18)

Et les surprises ne s’arrêtent pas là. Sciensano mentionne dans ses notes sur la PCR(19) que  :

  • Les infections sur Hamster sont corrélées avec les infections de cellules en culture mais pas avec les PCR – et cela ne choque personne  ? Hamster ou homme, ceci démontre les limites des conclusions de corrélation via PCR.
  • En France, il fut démontré que les PCR au-dessus d’un Ct de 34 ne sont pas signes d’infection.  ”Patients with samples with Ct values ≥34 did not excrete infectious viral particles.” Donc pourquoi le RAG les considère comme des cas  ? Ceci pose question.
  • Une étude Canadienne, nous dit que si le Ct > 24 sur les échantillons humains, ces échantillons n’étaient pas infectieux. Citation (donnée en annexe en intégralité) ”Cell culture growth was significantly reduced when RT-PCR Ct values >24 (primers targeting the E gene”
  • En Allemagne, le seuil d’infection fut démontré être au-dessus du million de virus par ml sur les échantillons d’expectorations bronchiques (crachats) humains. “German group concluded, based on the viral loads of nine hospitalized patients, that little risk of infectivity remained below a viral load of 100,000 viral RNA copies per ml sputum.”

De qui se moque-t-on… D’un côté, Sciensano met les bonnes références avec des informations correctes sur son site, et d’un autre côté, ils n’en tiennent absolument pas compte et instaurent et maintiennent un climat de peur panique aux décideurs et à toutes les populations de l’EU sur base de mesures non correctement interprétées. Je ne sais pas pour vous, chers lecteurs, mais moi tout cela me choque profondément, et n’est-il pas temps que la Presse finalement fasse son métier  : Contrôler le Pouvoir, lire, comprendre, s’éduquer afin de pouvoir informer.

Quelle est la solution  ?

Il faudrait avoir un ‘chemin de testing’ – un algorithme. Je vais me limiter aux principes de base – un vrai protocole/chemin devra/sera établi par des experts et des collègues  :

1. Voir les patients en personne, partir des symptômes et de la clinique – et confirmer le diagnostic potentiel de COVID par PCR. Dans cet usage la PCR sera redoutablement efficace.

2. Pour les contacts – ceux-ci sont soit pré-symptomatiques s’ils finissent par tomber malades, soit ceux qui resteront parfaitement asymptomatiques – focaliser principalement pour les contacts en milieu fermés où les contaminations se produisent (les fameuses bulles, les transports en commun, les immeubles à ventilation centralisée… qui sont les meilleurs foyers de dispersion de tout virus). Les autres non. La manie de faire tout et tout le temps est délétère.

3. Pour les non symptomatiques – le tout venant de la population – la PCR n’étant pas un outil adapté – des tests antigéniques parfaitement calibrés pour faire coïncider le résultat positif avec la période de contagion. Le taux de faux négatifs est défini par le design chimique de tels tests- donc il pourrait être parfaitement fiable. S’il demeure un doute, il faut aller voir son médecin de famille et une PCR peut suivre. Je n’ai en outre pas dit que ces tests étaient déjà calibrés, mais qu’ils devaient l’être et que cela ne prendrait pas beaucoup de temps. Je vous mets une référence pertinente et vous invite à bien regarder la figure du papier ci-dessous. Seul un test moins sensible que la PCR pourrait efficacement matcher la période de contagion et repérer les contagieux.

4. Il faudra aussi utiliser les tests sérologiques (qui mesurent les anticorps dans le sang). Car après plus de 17 mois, il est temps de faire une étude sérologique randomisée et en correspondance à notre population – comme toute crise l’exige – car il s’agira de la seule méthode fiable pour estimer la proportion des personnes infectées mais qui restent porteuses. – donc de calculer un vrai IFR (Infection fatality rate). Ceci permettrait de casser le cycle de la peur, et de rassurer la population en lieu et place de ce CFR (case fatality rate) – qui ne mesure que notre inaptitude à gérer les cas COVID de manière. Ceci fit l’objet de nombreux rapports, en voici un écrit par une quarantaine de personnes sous la houlette du Hoover Institute à Stanford(20). D’ailleurs, ce rapport fut donné par mes soins à La Libre à deux reprises. Je ne crois donc pas qu’il soit intellectuellement honnête ni un service à la population de me présenter comme un détracteur des PCR, en ayant pratiqué sans arrêt entre 1993 et 2014, en partie sur des germes environnementaux… Pourquoi  ? La question est posée.

  1. https://www.kairospresse.be/a-propos-des-tests-par-pcr-lettre-ouverte-a-mes-collegues-qui-conseillent-nos-gouvernements/
  2. https://www.levif.be/actualite/international/covid-19-et-strategie-de-depistage-mensonges-ou-stupidite/article-opinion-1403483.html?cookie_check=1617737036
  3. Current Epidemiology, Etiology, and Burden of Acute Skin Infections in the United States. Khaye et al. Clinical Infectious Diseases, Volume 68, Issue Supplement_3, 1 April 2019, Pages S193–S199, https://doi.org/10.1093/cid/ciz002
  4. Does the nose know ? An update on MRSA decolonization strategies 
Abad et al. Curr Infect Dis Rep 2013, 15:455– 64.
  5. Quelques sources concernant la charge virale nécessaire pour pénétrer les cellules et utilisées pour l’extrapolation d’un seuil de contamination :

    – Wölfel R. et al. Virological assessment of hospitalized patients with COVID-2019. 
Nature. 2020 May;581(7809):465-469. doi : 10.1038/s41586-020-2196-x. Epub 2020 Apr 1. Erratum in : Nature. 2020 Dec;588(7839):E35. PMID : 32235945 

    – Qiu X, et al. Defining the role of asymptomatic and pre-symptomatic SARS-CoV-2 transmission, a living systematic review. 2021 Jan 20. Clin Microbiol Infect. 2021;S1198-743X(21)00038-0. doi:10.1016/j.cmi.2021.01.011-
    La Scola B et al. Viral RNA load as determined by cell culture as a management tool for discharge of SARS-CoV-2 patients from infectious disease wards. 
Eur J Clin Microbiol Infect Dis. 2020 Jun;39(6):1059-1061. doi : 10.1007/s10096-020-03913-9.
    RAG interpretation and reporting of SARS COV-2 PCR results (Sciensano) https://covid-19.sciensano.be/sites/default/files/Covid19/20201208_Advice%20RAG%20Interpretation%20and%20reporting%20of%20COVID%20PCR%20results.pdf
  6. Article du Lancet qui rapporte les travaux d’un groupe de scientifique OFFICIELS en change d’évaluer les divers tests. Ils tentent de préciser la place de tests – 
La phrase-clé – voir la Figure 2 :
 “The short window of transmissibility contrasts with a median 22–33 days of PCR positivity (longer with severe infections and somewhat shorter among asymptomatic individuals). This suggests that 50–75 % of the time an individual is PCR positive, they are likely to be post-infectious.” 
Mina et al.
https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(21)00425-6/fulltext
  7. Article dans le New England Journal of Medicine, au départ de Harvard School of Public Health – qui explique que le CONTEXTE d’un test est important et explique qu’un test MOINS sensible peut être calibré pour cibler la période de contagion uniquement . – Rethinking COVID-19, a strategy for containment. Mina et al. https://www.nejm.org/doi/pdf/10.1056/NEJMp2025631?articleTools=true
  8. Idem.
  9. https://www.kairospresse.be/a-propos-des-tests-par-pcr-lettre-ouverte-a-mes-collegues-qui-conseillent-nos-gouvernements/
  10. https://www.levif.be/actualite/international/covid-19-et-strategie-de-depistage-mensonges-ou-stupidite/article-opinion-1403483.html?cookie_check=1617737036
  11. Current Epidemiology, Etiology, and Burden of Acute Skin Infections in the United States. Khaye et al. Clinical Infectious Diseases, Volume 68, Issue Supplement_3, 1 April 2019, Pages S193–S199, https://doi.org/10.1093/cid/ciz002
  12. Does the nose know ? An update on MRSA decolonization strategies 
Abad et al. Curr Infect Dis Rep 2013, 15:455– 64.
  13. Ancien article dans la Libre – les mêmes questions se sont posées au sujet des enveloppes à poudre blanche après le 11 Septembre. https://www.lalibre.be/debats/opinions/comment-vivre-avec-le-biologique-51b87dd2e4b0de6db9a89871
  14. Etude sur les asymptomatiques PCR-positifs à Wuhan. Cao et al, dans la revue Nature https://www.nature.com/articles/s41467-020-19802-w
  15. 3 références à propos des pseudo-épidémies qui se révélèrent être des artéfacts des tests PCR
Colombie Britannique en 2003.
https://www.hindawi.com/journals/cjidmm/2006/152612/Outbreaks of Respiratory Illness Mistakenly Attributed to Pertussis — New Hampshire, Massachusetts, and Tennessee, 2004-2006
https://www.cdc.gov/mmwr/preview/mmwrhtml/mm5633a1.htm
 – Alerte du Lancet à ce sujet :
https://www.thelancet.com/journals/laninf/article/PIIS1473-3099(07)70044-0/fulltext
  16. Idem.
  17. From Sciensano, lire en p.10 de leur fact-sheet – 2 citations qui contredisent toute la communication officielle !
https://covid-19.sciensano.be/sites/default/files/Covid19/COVID-19_fact_sheet_ENG.pdf
    

– A test-based strategy is hindered by known prolonged shedding of viral RNA, which does not equate with infectiousness. Assesment of viral load might help in these cases but viral loads are usually semi-quantitatively expressed as cycle threshold-values, which differ according to technical lab circumstances and the gene target(s). (NB. Le verbe au conditionnel ‘might’ est utilisé)
    – Whilst viral culture studies are difficult to interpret and all studies have important methodological limitations, the contact tracing study of Chen et al (Taiwan) is of high quality. In the study, 100 confirmed cases (of which 6 severe) and their 2,761 close contacts are followed up. Only 22 secondary cases occurred. No secondary cases were observed in those exposed to the index case more than 5 days after onset of symptoms (SAR 22/1,818 = 1.0 % [0.6%-1.6%] first 5d vs. 0/852 = 0 % [0-0.4%]) (150).
  18. Idem
  19. From Sciensano, lire en p. 5 – explication sur les interpretations des tests PCR, notes collationnés par le Risk Assessment Group (RAG) 
https://covid19.sciensano.be/sites/default/files/Covid19/30300630_Advice_RAG_interpretation%20PCR.pdf
    – A Chinese study using a hamster model found that transmission of SARS-CoV-2 correlated well with detection of infectious SARS-CoV-2 from respiratory tract samples using in vitro Vero cell cultures, while not with detection of viral RNA.
    – A French study including 155 patients (183 samples) observed a strong correlation between Ct value of RT-PCR with primers targeting the E gene (samples of upper and lower respiratory tract) and sample infectivity in a cell culture model. Patients with samples with Ct values ≥34 did not excrete infectious viral particles.
    – A Canadian study looking at 90 RT-PCR SARS-CoV-2 positive samples (endotracheal and nasopharyngeal) found that cell culture growth was significantly reduced when RT-PCR Ct values >24 (primers targeting the E gene). In a multivariable model they found that, for every 1 unit increase in Ct, the odds ratio for infectivity decreased by 32 %.
    – A German group concluded, based on the viral loads of nine hospitalized patients, that little risk of infectivity remained below a viral load of 100,000 viral RNA copies per ml sputum. They also estimated the RNA concentration for <5 % isolation success to be 5.40 log10 RNA copies per ml (95 % confidence interval −4.11–6.51) (upper and lower respiratory tract). The primers used in this study targeted the E and RdPr genes.
  20. Hoover Report – Preparing for the Next Pandemics. 
Un travail collectif, les tableaux en pages 7 et 45 (tests) sont pertinentes dans le cadre de cet article. Dr M. Zizi fut un des 40 scientifiques invités à la rédaction et au contrôle de cet ouvrage https://www.hoover.org/sites/default/files/research/docs/mcmaster_webready_revised.pdf
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