Démystification : Vacciner — l’unique solution contre l’émergence des variants

Le terme anglais debunk est devenu courant ces dernières années et d’autant plus en cette période de crise. Ce verbe signifie démystifier, réfuter, discréditer. La plateforme YouTube est remplie de vidéos où des arguments complotistes (ou du moins, jugés comme tels) sont décortiqués dans le but d’en exposer les erreurs et bien souvent de les ridiculiser dans le processus. Il s’agit d’une forme de fact-checking généralement effectuée par des citoyens engagés (parfois par des professionnels) avec une connaissance dans le domaine concerné. Cependant, il n’y a pas de raisons que du debunkage ne puisse pas être fait sur les déclarations d’experts ou de politiciens relayées par les médias de masse, surtout pendant cette campagne de vaccination. Le sujet de cet article est de disséquer l’argument alléguant que les non-vaccinés constituent des producteurs de variants et que la vaccination de la population est l’unique solution pour freiner l’émergence de ces variants.

Récemment, plusieurs médias, ainsi que l’OMS, ont présenté la vaccination comme l’outil principal de lutte contre l’apparition des variants (dont ceux qui résistent aux vaccins), qui seraient essentiellement générés par les non-vaccinés, ces derniers étant caractérisés comme de vraies usines à variants (1) et comme le carburant de l’épidémie (2). L’argument est construit de la manière suivante :

  1. les virus ont besoin d’hôtes pour survivre. Lors de l’infection, le virus se reproduit et se transmet ensuite d’individu en individu ;
  2. le SARS-CoV‑2, comme tous les autres coronavirus, subit des modifications (mutations, recombinaisons) dans son code génétique lors de sa réplication, résultant en la production de virus (dans sa descendance) différents de la souche parentale ;
  3. de fait, plus il y a d’individus à infecter, plus le virus aura des possibilités de générer des variants ;
  4. la vaccination freine la propagation du virus ;
  5. plus la couverture vaccinale est élevée, moins le virus aura l’opportunité de se propager et donc de générer des variants ;
  6. ainsi, il faut se faire vacciner massivement.

Tout comme pour les théories du complot, il y a dans ce postulat des éléments factuels, mais incomplets, menant à une conclusion inexacte.

Les deux premiers points (a et b) sont corrects : le virus se reproduit dans un hôte et forme des variants suite à des changements spontanés qui se font dans son patrimoine génétique. Par contre, ce que le premier point omet de mentionner concerne la panoplie d’hôtes du SARS-CoV‑2. En effet, il existe une variété d’animaux(3) qui portent ce coronavirus, dont certains qui le transmettent à l’humain, comme par exemple les visons(4). Ainsi, même s’il est vrai qu’un nombre plus élevé d’individus humains offre plus de possibilités au virus de créer des variants (point c), ceci ne constitue qu’une fraction des variants qui sont produits en continu.

La vaccination peut en effet freiner la propagation du virus (point d), mais cet argument n’est à nouveau que partiellement vrai. Tout d’abord, l’efficacité des vaccins actuels est en train de diminuer avec les variants émergents, dont le fameux delta(5). Ensuite, la couverture vaccinale que nos gouvernants désireraient atteindre se base sur des seuils (à la base 70%, mais allant maintenant jusqu’à 90%(6)) au sein de pays individuels. Or, nous vivons sur une planète globalisée avec un taux important d’interactions journalières entre individus de différents pays, ce qui perturbe ces seuils théoriques (il faudrait donc les étendre au monde entier). Et enfin : il serait illusoire de vacciner tous les animaux (même si les entreprises pharmaceutiques vétérinaires en rêvent). De ce fait, l’importance de la couverture vaccinale (point e) et de la conclusion finale, qui consiste à inciter tout le monde à se faire vacciner pour empêcher la génération de variants (point f), perdent entièrement leur pouvoir argumentatif. Pourtant, une étude pré-publiée (= pas encore revue par des pairs pour publication définitive) confirme la diminution de la diversité des variants chez les vaccinés (7), confirmant le postulat de base. Qu’en penser ?

La réponse demeure dans la pression de sélection. Les vaccins dits à ARNm ou ADN utilisés dans les pays occidentaux sont monoclonaux. Pour rappel, le terme monoclonal signifie que le vaccin est basé sur une seule et unique cible (par opposition aux vaccins dits polyclonaux qui se basent sur une multitude de cibles). De ce fait, tous les variants qui ont une protéine spike (la cible) similaire à celle des vaccins sont reconnus par le système immunitaire des vaccinés. Par contre, les variants qui ont une protéine spike mutée et qui diffère de la souche originale (utilisée comme modèle pour les vaccins) échapperont aux anticorps du système immunitaire. Puisque les mutations apparaissent aléatoirement dans les virus, elles ne concernent pas uniquement la protéine spike. Par conséquent, les variants portant des mutations dans la protéine spike, les rendant capables d’échapper à l’immunité vaccinale, ne constituent qu’un sous-groupe parmi tous les variants qui existent. Ceci est quelque part similaire à la sélection de races de chien. Si l’on désire une race de chien avec de grandes oreilles, on sélectionnera toujours les chiots avec les plus grandes oreilles parmi la descendance jusqu’à obtenir, au fil des générations, une race à grandes oreilles. Mais les chiots à grandes oreilles ne constituent jamais qu’une fraction de la portée parmi la diversité des petits.

Il est donc logique que la diversité des variants soit moins importante chez les personnes vaccinées, car toute une partie des variants est éliminée par leur système immunitaire. En biologie, le phénomène d’une diminution de la diversité suite à une sélection est appelé goulot d’étranglement. Imaginez remplir une bouteille avec des billes de différentes tailles avec des couleurs associées à leur taille. Ensuite, un entonnoir est placé sur la bouteille et le tout est renversé. Seules les billes assez petites traverseront cet entonnoir. Ce qui est récupéré est forcément moins varié en termes de couleurs et de taille que la panoplie de billes dans la bouteille d’origine. En biologie, cela se traduit en une réduction sévère d’une population qui sera suivie d’une nouvelle expansion démographique. Les nouveaux individus qui se répandent seront d’abord moins diversifiés entre eux que la population originale, jusqu’à ce que d’autres processus biologiques entrent à nouveau en jeu (pressions de sélection, etc.). Comme analogie, on peut par exemple imaginer une diminution drastique de lapins sur une île. Les survivants repeupleront ensuite toute l’île, tous les individus ressemblants l’un l’autre. Au fur et à mesure que le temps passe, différentes pressions de sélection (par exemple la prédation) vont pousser la descendance à se diversifier, donnant naissance à des lapins de différents couleurs, tailles, etc.

Revenons à présent à nos moutons (si l’on peut se permettre cette expression). Le SARS-CoV‑2 s’est répandu dans la population mondiale. Le goulot d’étranglement qu’il connaît actuellement est dû aux vaccins monoclonaux. La diversité des variants va donc diminuer jusqu’à ce qu’un (ou quelques variants) échappe à l’immunité vaccinale. Ces variants vont ensuite découvrir une île déserte (la population n’ayant pas encore eu le covid-19, vaccinée ou pas) et vont se répandre. Au fur et à mesure, de nouveaux variants naîtront, augmentant la diversité à nouveau. Un contre-argument peut cependant être avancé : après un phénomène de goulot d’étranglement, un autre destin (que l’expansion démographique) est possible : l’extinction. Ceci est vrai et constitue le résultat que les autorités espèrent pour le coronavirus. Mais il est fort probable que le virus ne disparaisse pas et qu’il devienne endémique (= permanent chez l’humain), comme le pensent plusieurs chercheurs(8). Et surtout, il ne faut pas oublier non plus que le SARS-CoV‑2 est une zoonose et qu’il pourra se répliquer au sein des animaux qui contribueront également à la production des variants. Mais ce goulot d’étranglement, est-il une mauvaise chose ?

Il est possible qu’une vaccination massive avec un vaccin imparfait (= qui diminue les formes graves, mais n’empêche pas la transmission du virus, comme c’est le cas des vaccins actuels des pays occidentaux (9)) puisse paradoxalement avoir des conséquences indésirables. En effet, les personnes vaccinées infectées par le SARS-CoV‑2 ne vont pouvoir transmettre, par définition, que des variants résistants ayant survécu à l’immunité vaccinale. Ces variants vont se répandre dans la population susceptible de le contracter, ceci comprenant évidemment la population vaccinée. Plutôt que de ne vacciner que la population à risque, la stratégie consistant à vacciner tout le monde induit une immunité vaccinale qui est identique chez tout le monde, les rendant vulnérables aux variants résistants. L’immunité naturelle, en revanche, est propre à chaque individu et permet par conséquent de freiner plus efficacement la propagation du virus. Une étude israélienne pré-publiée suggère d’ailleurs que l’immunité naturelle serait mieux dans le cas du variant delta (10). Rappelons que l’immunité naturelle est polyclonale. De plus, la réponse immunitaire d’une personne n’est pas celle d’une autre, donc un variant pouvant échapper à l’immunité d’une personne sera détruit par le système immunitaire d’une autre. Au niveau de la logistique, un virus circule plus rapidement qu’un vaccibus, donc l’acquisition d’une immunité naturelle est plus rapide. Paradoxalement, en vaccinant massivement la population, nos sociétés induisent une immunité artificielle aux dépens d’une immunité naturelle plus robuste qui pourrait conduire plus rapidement vers l’immunité collective, ce qui est le but de la campagne de vaccination ! Ajoutons que les vaccins ayant des effets secondaires indésirables, dont l’ampleur et l’intensité commencent désormais à être de plus en plus visibles, l’éthique de vacciner une grande fraction de la population qui ne souffrirait pas du covid-19 est, pour dire le moindre, questionnable.

Il y a un dernier risque dans la stratégie vaccinale : celle de l’émergence d’un variant plus virulent que les précédents. La sélection humaine par un vaccin imparfait pourrait potentiellement faire émerger des variants encore plus dangereux. Cela a notamment été le cas pour la maladie de Marek chez les poulets(11). Généralement, les virus tendent naturellement vers des variants moins agressifs, car pour leur propagation, il est plus favorable que ses hôtes restent en vie assez longtemps pour un maximum de contaminations. En effet, les virus plus contagieux et bénins se transmettront le plus rapidement, écartant ceux qui sont plus mortels et moins contagieux. L’explication des auteurs de cette étude avec le phénomène inverse est la suivante : le fait d’utiliser un vaccin imparfait perturbe cette tendance naturelle des virus à devenir moins virulent. Effectivement, le vaccin induit des anticorps qui immunisent contre le virus d’intérêt, empêchant sa diffusion. De fait, tous les variants reconnus par ces anticorps vont être éliminés, à part ceux qui ont des propriétés qui leur permettent d’y échapper. 

Avec l’automne à nos portes, les conditions météorologiques favorables à la propagation vont bientôt s’installer à l’avantage des variants du SARS-CoV‑2. Le danger est ainsi de voir émerger des variants à la fois résistants aux vaccins et plus virulents.

Par conséquent, il est tout à fait possible que parmi les variants bloqués par l’immunité figurent les plus compétitifs (et moins dangereux) et qu’au sein des résistants qui contournent l’immunité (et se transmettent) se trouvent des variants plus pernicieux. Appliqué au SARS-CoV‑2, le risque dans les pays occidentaux est d’avoir sélectionné des variants résistants aux vaccins à travers la puissante campagne de vaccination en pleine épidémie. Les vaccins ont été administrés pendant une période où les coronavirus se transmettent moins bien: l’été. Cependant, avec l’automne à nos portes, les conditions météorologiques favorables à la propagation vont bientôt s’installer à l’avantage des variants du SARS-CoV‑2. Le danger est ainsi de voir émerger des variants à la fois résistants aux vaccins et plus virulents.

L’exemple de cette étude devrait nous rappeler que les effets d’une campagne intense de vaccination en pleine épidémie peuvent avoir des conséquences inverses à celles désirées. Il convient donc de remettre en question la campagne vaccinale actuelle, dont le raisonnement semble relever bien plus souvent du domaine de la sophistique (= raisonnement faux qui apparaît comme valide par un auteur, dont le but est de tromper) plutôt que de la paralogique (= raisonnement faux qui apparaît comme valide par un auteur de bonne foi).

  1. Exemple de quelques médias diffusant le message que les non-vaccinés sont des usines à variants et que la vaccination est le moyen de lutte contre ces variants :
    (1) La Libre Belgique — « Des usines à variants », « Mais à quoi pensent ces gens ? » : comment les personnes non-vaccinées pourraient contribuer à l’émergence de nouveaux variants: https://www.lalibre.be/planete/sante/2021/07/04/des-usines-a-variants-mais-a-quoi-pensent-ces-gens-comment-les-personnes-non-vaccinees-pourraient-contribuer-a-lemergence-de-nouveaux-variants-QH7C5QOSDFHFJIVYWJHGELG2WY/
    (2) La Dernière Heure — « Des usines à variants », « Mais à quoi pensent ces gens ? »: comment les personnes non-vaccinées pourraient contribuer à l’émergence de nouveaux variants: https://www.dhnet.be/actu/sante/des-usines-a-variants-mais-a-quoi-pensent-ces-gens-comment-les-personnes-non-vaccinees-pourraient-contribuer-a-l-emergence-de-nouveaux-variants-60e1ba71d8ad581ce11f3b59
    (3) Marianne — Vacciner, seule solution pour limiter l’émergence de nouveaux variants: https://www.marianne.net/societe/sante/vacciner-seule-solution-pour-limiter-lemergence-de-nouveaux-variants
    (4) Business Insider — Les personnes non vaccinées pourraient devenir une ‘usine à variants’, selon un médecin: https://www.businessinsider.fr/les-personnes-non-vaccinees-pourraient-devenir-une-usine-a-variants-selon-un-medecin-188035
    (5) L’Organisation Mondiale de la Santé — Variants du virus et leurs effets sur les vaccins contre la COVID-19:https://www.who.int/fr/news-room/feature-stories/detail/the-effects-of-virus-variants-on-covid-19-vaccines
  2. RTBF — Premier pays à vacciner, Israël est en ce moment celui qui enregistre le plus de contaminations au Covid par habitant au monde : comment l’expliquer ?
  1. Abdel-Moneim AS, Abdelwhab EM. Evidence for SARS-CoV‑2 Infection of Animal Hosts. Pathogens. 2020;9(7):529. Published 2020 Jun 30. doi:10.3390/pathogens9070529
    Singla R, Mishra A, Joshi R, Jha S, Sharma AR, Upadhyay S, Sarma P, Prakash A, Medhi B. Human animal interface of SARS-CoV‑2 (COVID-19) transmission: a critical appraisal of scientific evidence. Vet Res Commun. 2020 Nov;44(3–4):119–130. doi: 10.1007/s11259-020–09781‑0. Epub 2020 Sep 14. PMID: 32926266; PMCID: PMC7487339

  1. Oude Munnink BB, Sikkema RS, Nieuwenhuijse DF, Molenaar RJ, Munger E, Molenkamp R, van der Spek A, Tolsma P, Rietveld A, Brouwer M, Bouwmeester-Vincken N, Harders F, Hakze-van der Honing R, Wegdam-Blans MCA, Bouwstra RJ, GeurtsvanKessel C, van der Eijk AA, Velkers FC, Smit LAM, Stegeman A, van der Poel WHM, Koopmans MPG. Transmission of SARS-CoV‑2 on mink farms between humans and mink and back to humans. Science. 2021 Jan 8;371(6525):172–177. doi: 10.1126/science.abe5901. Epub 2020 Nov 10. PMID: 33172935; PMCID: PMC7857398
  1. Centers for Disease Control and Prevention (Etats-Unis) — Effectiveness of COVID-19 Vaccines in Preventing SARS-CoV‑2 Infection Among Frontline Workers Before and During B.1.617.2 (Delta) Variant Predominance — Eight U.S. Locations, December 2020–August 2021 | MMWR: https://www.cdc.gov/mmwr/volumes/70/wr/mm7034e4.htm
    Nature —
    COVID vaccines protect against Delta, but their effectiveness wanes: https://www.nature.com/articles/d41586-021–02261‑8

  1. Ouest France — La vaccination peut-elle empêcher l’apparition de nouveaux variants ?: https://www.ouest-france.fr/sante/virus/coronavirus/la-vaccination-peut-elle-empecher-l-apparition-de-nouveaux-variants-c102d158-e0b2-11eb-9be0-01246e2ebe9b
    Avis du conseil scientifique français du 6 Juillet 2021: https://solidarites-sante.gouv.fr/IMG/pdf/avis_conseil_scientifique_6_juillet_2021_actualise_8_juillet_2021.pdf
  1. Cet article est une pré-publication: Niesen MJM, Anand P, Silvert E, Suratekar R, Pawlowski C, Ghosh P, Lenehan P, Hughes T, Zemmour D, O’Horo JC, Yao JD, Pritt BS, Norgan A, Hurt RT, Badley AD, Venkatakrishnan AJ and Soundararajan V. COVID-19 vaccines dampen genomic diversity of SARS-CoV‑2: Unvaccinated patients exhibit more antigenic mutational variance. medRxiv 2021.07.01.21259833; doi: https://doi.org/10.1101/2021.07.01.21259833.
  1. Nature — The coronavirus is here to stay — here’s what that means: https://www.nature.com/articles/d41586-021–00396‑2

  1. Idem reference 5
  1. Gazit S, Shlezinger R, Perez G, Lotan R, Peretz A, Ben-Tov A, Cohen D, Muhsen K, Chodick G, Patalon T. Comparing SARS-CoV‑2 natural immunity to vaccine-induced immunity: reinfections versus breakthrough infections. MedRxiv doi: https://doi.org/10.1101/2021.08.24.21262415
    Lire aussi au sujet de l’immunité naturelle les références dans l’article suivant :Block J. Vaccinating people who have has covid-19: why doesn’t natural immunity count? BMJ 2021; 374:n2101 doi. 10.1136/bmj.n2101

  1. Read AF, Baigent SJ, Powers C, et al. Imperfect Vaccination Can Enhance the Transmission of Highly Virulent Pathogens. PLoS Biol. 2015;13(7):e1002198. Published 2015 Jul 27. doi:10.1371/journal.pbio.1002198